Når det gjelder ernæring, er det liten forskjell mellom melk fra kuer i konvensjonell (vanlig) drift og melk fra kuer i økologisk drift, og de små forskjellene det er snakk om, skyldes at kuene får litt forskjellig fôr.
Økologisk melk kan inneholde litt mer omega 3-fettsyrer, men siden det uansett er lite av dette fettet i all melk, betyr det ikke noe for det totale inntaket av omega 3-fettsyrer i kosten.
Det er ikke tillatt å tilsette D-vitamin eller andre vitaminer og mineraler i økologisk melk, slik det er i enkelte typer vanlig melk. Det er likevel verdt å merke seg at norsk økologisk melk inneholder noe mer jod, ettersom kuer på økologiske gårder får et litt annet kraftfôr enn kuer på vanlige gårder. Melk og meieriprodukter er sammen med hvit fisk det som bidrar med mest jod i det norske kostholdet.