Yoghurt blir vanligvis fremstilt av melk som homogeniseres og høypasteuriseres (96 °C i 5 minutter) før den syrnes med yoghurtkultur. All yoghurt inneholder levende bakterier fra denne yoghurtkulturen, som er en blanding av to melkesyrebakterier (Streptococcus termofilus og Lactobacillus bulgaricus).
Syrningen av yoghurten foregår ved 40–45 °C i 3–7 timer til riktig surhet er oppnådd (pH-verdi på cirka 4,2). Deretter blir produktet kjølt ned til om lag 24 °C før det tappes og lagres ved høyst 4 °C.
For å oppnå riktig tykkelse blir en del yoghurt også tilsatt melkepulver. Andre varianter (som gresk yoghurt) gjøres tykkere ved hjelp av ulike filtreringsteknikker. Det karakteristiske smaksstoffet i yoghurt er acetaldehyd, som dannes når bakteriene i yoghurten omdanner laktose og aminosyrer. En del yoghurter tilsettes også smaksstoffer som syltetøy og frukt i tillegg til sukker eller søtningsmidler.